冬季是沼气池清池出料的重要时期，科学使用沼气肥，对优化农村生态环境、促进资源循环利用、实现节本增收都有重要意义。
沼气肥除了含有丰富的氮、磷、钾等元素外，还含有对农作物生长起重要作用的多种中微量元素，以及大量的有机质、多种氨基酸和维生素等。施用沼气肥，能显著地改良土壤，有利于增强作物抗冻、抗旱能力，减少病虫害发生。在施用上，要注意以下5点：
1、出池后不要立即施用。沼气肥的还原性强，出池后若立即施用，会与作物争夺土壤中的氧气，影响种子发芽和根系发育，导致作物叶片发黄、凋萎。因此，沼气肥出池后，一般先在储粪池中存放5～7天后施用；若与磷肥按10：1的比例混合堆沤5～7天后施用，效果更佳。
2、沼液不能直接追施。沼液不兑水直接施在作物上，尤其是用来追施幼苗，会使作物出现灼伤现象。作追肥时，要先兑水，一般兑水量为沼液的一半。
3、不要表土撒施。宜采用穴施、沟施，然后盖土。
4、不要过量施用。施用沼肥的量不能太多，一般要少于普通猪粪肥。若盲目大量施用，会导致作物徒长，行间荫蔽，造成减产。
5、不能与草木灰、钙镁磷肥、石灰等碱性肥料混施。否则会造成氮肥的损失，降低肥效。